南充开发较早，新石器时代就有先民居住。夏代为“有果氏”之国，殷商属巴国，周为巴子国属地。战国时期，约公元前330年，巴子国国都迁阆中，秦惠文王更元九年秦灭巴，十一年置阆中县，隶巴郡（今重庆市）。秦代郡县建置依旧。
西汉（前206—公元23）初，析阆中县置安汉（今南充）、充国县。新莽时更安汉县为安新县。
东汉兴平元年（公元194年）境内置巴郡，辖安汉（郡治）、阆中、西充国（充国更名）、南充国县（析充国县置）。建安六年改巴郡为巴西郡，郡治迁阆中，隶属未变。三国蜀汉、西晋、成汉时，郡县依旧。东晋时，阆中为北巴西郡郡治，辖西充国（郡治）、南充国、安汉、羔羊县（今仪陇境）。
南朝宋（420年～479年）时，巴西郡为僚人所聚，郡县迁今绵阳市境内侨置，辖阆中（郡治）、安汉、西国（西充国改）、南国（南充国改）、羔羊县。南朝齐时，郡县建置依旧。南充安汉阁朱德故居唐代，隶山南西道，境内置3州，辖阆州（阆中郡）阆中（阆内改，州郡治）、思恭（今阆中境）等19县。
五代（907年～960年[1-2]）时，州县设置未变。后唐（923-937）于阆州置保宁军，于果州置永宁军。
北宋（960-1127），境内置3州，辖隶成都府路的果州南充（州治）、西充、相如等13县。
南宋（1127-1279），境内置1府，辖隶潼川府路的顺庆府南充（府治）、西充、流溪县及隶利州路的阆州阆中（州治）南部、新井、奉国、新政、西水县和蓬州蓬池（州治）、仪陇、营山、伏虞、良山、相如县等2州15县。
明代（1368-1644）隶四川布政使司，境内置2府，辖顺庆府南充、西充县和蓬州、营山、仪陇县，保宁府阆中（府治）、南部等1州6县。
清代（1644-1911）隶四川省，境内置川北道，辖保宁府阆中（道府治）、南部县，顺庆府南充（府治）、西充、营山、仪陇和蓬州（县级州）等2府1州6县。
中华民国初（1912年），隶四川省，境内置嘉陵道，辖南充（道治）、阆中、南部、西充、营山、仪陇、蓬安（蓬州改）等7县。民国24年，境内置第十一行政督察区，辖南充（区治）、蓬安、营山、仪陇、西充、南部等6县。阆中隶第十四行政督察区。
中华人民共和国建立（1949年）后，隶川北行署区，境内辖南充市（区治，区直辖）、南充、西充、南部、仪陇、营山、蓬安等1市6县；属南充专区（治今岳池县九龙镇）。
1950年设南充专区，属川北行署区。南充专署驻岳池县，辖岳池、南充（驻龙门场）、蓬安、营山、武胜、西充、南部、仪陇等8县。
1952年南充专区属四川省领导。原由川北行署直辖的南充市划归南充专署领导。辖1市、8县。
1953年南充市改为省辖市，委托南充专署代管。原广元专区所属苍溪、阆中2县及原大竹专区所属广安县划入南充专区。辖1市、11县。
1956年南充县由龙门场迁驻南充市；蓬安县由锦屏镇迁驻周口镇；武胜县迁驻沿口镇。
1965年南充县由南充市区迁驻南充市河东公社。1970年南充专区改称南充地区，地区驻南充市。辖南充市及南充（驻河东公社）、苍溪、阆中、仪陇、南部、西充、营山、蓬安（驻周口镇）、广安、岳池、武胜（驻沿口镇）等11县。
1972年南充县驻城关（清溪公社与河东公社合并为城关公社）。
1979年由广安、岳池2县析置华蓥工农区（相当于县级），工农区政府驻双河公社。南充地区辖1市、11县、1工农区。
1993年7月2日，撤销南充地区、南充市、南充县，设立南充市（地级），市人民政府驻顺庆区。南充市下辖顺庆区、高坪区和嘉陵区、南部县、营山县、蓬安县、仪陇县、西充县。阆中市由四川省直辖，南充市代管。
截止2014年，南充GDP总量达1432.02亿元，社会固定资产投资达1244亿元，南充是三国文化和春节文化的发祥地，民风淳朴，民俗优雅，三国文化、丝绸文化、红色文化和嘉陵江文化交融生辉。