启动子
AAV骨关节注射的血清型和启动子怎么选？
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[图片] 骨与骨之间的间隙称为关节，一般由关节面、关节囊和关节腔三部分构成，有些关节还有一些辅助结构：如韧带及半月板等。人体的关节多种多样，关节炎的发病类型便接近100种，常见的有骨关节炎（OA）、类风湿性关节炎（RA）、痛风和强直性脊柱炎等。软骨细胞代谢的变化被认为是骨关节炎病理生理学的基础，而AAV能够穿透关节软骨内部并原位转导软骨细胞，在关节疾病临床应用中显示出巨大潜力。 启动子的选择可以选择广谱启动子CMV以及…
AAV感染心脏组织的血清型和启动子怎么选？
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[图片] 血清型的选择AAV血清型多种多样，在心脏研究中AAV1、AAV2、AAV6、AAV8和AAV9型对心脏有较好的感染效率，其中 AAV8和AAV9的感染效率较优于其他血清型，AAV9 是目前公认的高效特异性靶向心脏表达的病毒载体血清型。尽管 AAV8 的感染效果也不错，但是没有AAV9 的扩散性好。临床上靶向心肌的AAV血清型一般为1，6和9型，其中AAV1和AAV6均可有效靶向心肌和骨骼肌细胞，而AAV9则更加倾向于对心肌的感染。 [图片] [图片] 启动子的选择常见的广谱型启动…
将专家知识与深度学习结合，清华团队开发DeepSEED进行高效启动子设计
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设计具有所需特性的启动子在合成生物学中至关重要。人类专家擅长识别小样本中的强显式模式，而深度学习模型擅长检测大数据集中隐式的弱模式。生物学家通过转录因子结合位点（TFBS）描述了启动子的序列模式。然而，顺式调控元件的侧翼序列长期以来一直被忽视，并且经常在启动子设计中任意决定。 为了解决这一限制，清华大学的研究团队引入了 DeepSEED， 这是一种人工智能辅助框架，可通过将专家知识与深度学习技术相结合来有效地…
她的百年沉浮，都与你的转基因植株有关！
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序 章 历史睡了，时间醒着； 世界睡了，你们醒着。 ——洛夫 [图片] 第一章 源起 凡是过去，皆为序曲。 ——莎士比亚 [图片] [图片] 第二章 初露头角 醒来吧，起来吧， 否则将永远沉沦。 ——弥尔顿 [图片] [图片] 第三章 金风逢玉露 上天生下我们， 是要把我们当做火炬， 不是照亮自已， 而是普照世界。 ——莎士比亚 [图片] [图片] 第四章 欲加之罪 谣言是一支 凭着推测、猜疑和臆度吹响的笛子。 ——莎士比亚 [图片] 第五章 欲加之罪 黑夜无论怎样悠长， 白昼总会到来。 ——莎士比亚 [图片] [图片] 附件：…
什么是启动子？启动子结构特点有哪些？
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[图片] 启动子是一段位于结构基因5'端上游区的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确地相结合并具有转录起始的特异性。因为基因的特异性转录取决于酶与启动子能否有效地形成二元复合物，所以，RNA聚合酶如何有效地找到启动子并与之相结合是转录起始过程中首先要解决的问题。有实验表明，对许多启动子来说，RNA聚合酶与之相结合的速率至少比布朗运动中的随机碰撞高100倍。值得注意的是，启动子的结构影响了它与RNA聚合酶的亲和力…
内耳靶向的启动子都有哪些？
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[图片] 耳朵分为外耳、中耳和内耳三部分，其中外耳和中耳传导声波，内耳是听觉和位觉感受器。在结构上，外耳包括耳廓和外耳道，中耳由鼓膜、鼓室及听骨链组成，内耳位于颞骨岩部内，包括半规管、前庭和耳蜗（cochlea）。值得注意的是，大多数引起耳聋的基因主要在耳蜗内的细胞中表达，因此，AAV介导的针对听力损失的基因疗法一般都集中于靶向耳蜗结构。 哺乳动物的耳蜗内含有两种类型的 毛细胞（Hair Cells, HCs）：内毛细胞(IHCs)和外…
利用Jaspar进行转录因子结合位点预测
爱基百客
专注于表观及单细胞组学多年，加微：Igenebook0
前期我们介绍了如何进行ChIP-qPCR验证，里面提到了一个比较重要的因素——扩增范围的选择及引物的设计。相比双荧光素酶、酵母单杂-点对点验证等允许完整启动子验证的实验，ChIP-qPCR要求单次验证的范围尽量控制在150-200bp内。但一个基因的启动子一般有2-3k，如果漫无目的地选择区域去验证， 不仅花费的成本会很高，检测效果也会大打折扣。在没有进行前期ChIP-seq的基础上，如何对感兴趣的转录因子（TF）以及靶基因pro进行验证，…
什么是启动子？启动子具有哪些特征？
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[图片] 无论是原核生物还是真核生物，转录水平的调控都是最重要的基因表达调控方式之。顺式作用元件是在转录水平上对基因表达有调节活性的DNA序列，包括启动子、增强子、沉默子和衰减子等，多位于基因旁侧或内含子中。 启动子是RNA聚合酶识别、结合并起始转录的一段DNA序列，其长度随生物种类不同而异，并具有如下特征：①序列特异性。启动子序列通常含有几个保守的序列框，其核苷酸的变化或序列框之间核苷酸数量的变化将导致转录启动的…
易基因技术推介｜简化基因组甲基化测序研究解决方案
易基因科技
专注表观组学十余年，领先的高通量测序、生信分析、科研服务。
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。简化甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS)是利用限制性内切酶对基因组进行酶切，富集启动子及CpG岛等重要的表观调控区域并进行重亚硫酸盐测序该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前…
肾脏特异性启动子Nphs1有应用案例吗？
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[图片] 2023年11月11日，山东大学基础医学院易凡教授、王姿颖教授和助理研究员刘敏博士在Metabolism Clinical and Experimental，IF 9.8上在线发表了题为“CCDC92 deficiency ameliorates podocyte lipotoxicity in diabetic kidney disease”的研究成果，表明CCDC92作为一种新的脂质稳态调节剂，促进糖尿病肾病（DKD）足细胞损伤，提示CCDC92可能是DKD足细胞损伤的潜在生物标志物，靶向CCDC92可能是DKD患者有效的创新治疗策略。 [图片] · 维…
一个质粒多个启动子，那么如何判断转录的时候是由哪个启动子的方向决定的？
命运的主人
我来跟你捋一捋这个质粒 这是一个用于蓝白斑筛选的克隆质粒。 氨苄抗性基因由AmpR启动子驱动，这个简单。 其中最重要的是LacZa基因，由lac启动子驱动，lac启动子后还有一个lac操纵子。在有IPTG诱导剂的情况下，LacZa才会表达。表达LacZa的细菌能够把底物Xgal转变为蓝色产物。 LacZa基因中有一段多克隆位点MCS，使用这个质粒时，就是把需要克隆的DNA片段插入这个多克隆位点，有极大的概率能够让LacZa基因不能表达有功能的蛋白产物…
Promoter-2.0：启动子预测
苏祈
心念一动，诸事皆宜
网址： Promoter 2.0 - DTU Health Tech - Bioinformatic Services Promoter-2.0仅用于预测脊椎动物的启动子（Pol III） 1.Promoter-2.0在线预测上传核苷酸序列，限制50条序列，1500000个核苷酸 [图片] 结果 Score得分小于0.5可以忽略，0.5-0.8表示可能预测，0.8-1.0表示中等可能，1.0以上为极有可能 [图片] 2.Promoter-2.0下载安装mkdir ~/software/Promoter-2.0/ cd ~/software/Promoter-2.0/ #官网下载压缩包promoter-2.0.Linux.tar.Z tar -…
作物改良与诱导型启动子和组织特异性启动子更配
伯远生物
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本文内容速览： [图片] 外源DNA序列通过连接到特定启动子的载体上从而在植物宿主中表达，启动子类型的选择决定基因的表达时间和部位。目前在农业生物技术领域广泛应用的主要是一些组成型的强启动子，比如CaMV 35S启动子和玉米Ubiquitin-1启动子，然而在利用这些启动子诱导目的基因转化水稻等作物来改良作物的品质时，往往会由于目的基因表达的时间（发育阶段特异性）或空间（组织器官特异性）不能很好地控制而导致改良效果不明显，或者…
ubi启动子中启动子末尾存在一个atg和我连接的基因同一个阅读框会转录和翻译吗?
实验狂人
[图片] [图片]
肾脏特异性启动子怎么选？
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[图片] 肾脏疾病已成为威胁人类健康的主要疾病之一，全球约有13%人口受其影响。已知由基因突变引起的慢性肾脏疾病的发病率可高达千分之一，近80种基因的突变都与各种遗传性肾脏疾病有关。然而，由于肾脏结构和功能的复杂性，针对肾脏疾病的基因治疗的研究和开发滞后于肝脏、神经肌肉和眼睛等。自20世纪90年代末以来，研究人员已经开始利用AAV进行体内外肾脏的基因传递研究，并取得一定的成果，然而所带来的实际转导效果存在很大程度的不…
喜讯！表观生物获中科院Nature级RIC-seq技术成果转化授权
表观生物
Welcome to epigenetics landscape.
近日，表观生物与中科院生物物理研究所签订RIC-seq技术转让（专利实施许可）协议，获得 全球范围内实施RIC-seq技术成果转化的授权，为生命科学研究提供RIC-seq技术服务和RIC-seq建库试剂盒销售。 什么是RIC-seq？RIC-seq是一项全球领先的原始创新技术，由中科院生物物理研究所薛愿超课题组开发，能够捕获细胞内RNA原位高级结构及分子间相互作用位点，相关研究成果于2020年5月在《自然》（Nature）杂志在线发表[1]。 [图片] 如何应用RIC…
植物诱导型启动子大盘点（一）
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本文内容速览： [图片] 转基因技术是植物基因功能研究的重要工具，在利用转基因技术研究植物基因时，目的基因的表达需要合适的启动子进行驱动。在传统的转基因实验中，应用比较广泛的是一些组成型强启动子，由其驱动的目的基因理论上在植物所有发育时期、所有组织中均会高表达，因此在很大程度上会增加转基因植物的代谢负担。诱导型启动子是植物在长期适应环境的过程中形成的一类能够响应特殊的生物、物理或化学信号的启动子，在没有诱…
甲状腺癌中TERT启动子突变谱及其激活机制
出生缺陷防控咨询
基因变异解读与遗传咨询
研究背景：端粒酶逆转录酶(TERT)的再激活是癌症的一个重要事件。TERT启动子区域的 两个热点突变c.-124C > T (C228T)和c.- 146C > T (C250T)发生在包括甲状腺癌在内的各种癌症类型中。它们产生E - 26 (ETS)转录因子的从头结合位点，导致TERT转录增加。本研究的目的是寻找新的TERT启动子突变和甲状腺癌中TERT激活的其他机制。 [图片] 研究方法：我们研究了198例甲状腺乳头状癌(PTC)、34例滤泡性甲状腺癌(FTCs)、40例Hürthle细胞癌(HCCs)、…
【一些概念】关于启动子
鹿明生物
科学家都觉得靠谱
转录单元（transcription unit) 转录单元（transcription unit) 是一段从启动子（promoter）开始至终止子（terminator）结束的DNA序列。RNA聚合酶从转录起点开始沿着模板前进，直到终止子为止，转录出一条RNA链。在细胞中，一个转录单元可以是一个基因，也可以是几个基因。 转录起点 转录起点是指与新生RNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，研究证实通常为一个嘌呤。常把起点前面，即5’末端的序列称为上游（upstream），…
【on-target】AAV感染脂肪组织 | 血清型·启动子·注射用量 | 一篇就GO了！
和元生物
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[图片] 脂肪组织（Adipose tissue）是一种松散的结缔组织，主要由脂肪细胞组成。脂肪组织的主要作用是以“脂肪”的形式储存能量，亦可为身体作缓冲撞击及保存热量。脂肪组织也是身体一个重要的内分泌系统器官，为身体制造激素，调节全身代谢稳态。肥胖、2型糖尿病、心血管疾病和胰岛素抵抗等疾病的发生与脂肪组织代谢障碍有关。因此，借助先进技术展开对靶向脂肪组织的基因疗法对了解脂肪功能及代谢至关重要。 [图片] 重组腺相关病毒载体（re…
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