山东省科学院生态研究所为省级科研机构，由科学院抽调精干力量于2015年5月组建而成。主要从事生态环境保护领域基础与应用研究，研究方向包括能源高效利用、碳排放及碳市场建设、生态与低碳发展战略、有机污染修复技术与装备、农业面源污染控制与修复技术、水环境及湿地生态治理理论及应用技术、土壤微生物作用机制及修复技术等。
  研究所坚持国际合作与国内合作相结合、产学研用一体化研发模式，先后与国内外30余家高校、科研机构建立了合作关系，形成设备、场地、人才、资源等合作共享机制，建有山东省碳中和技术创新中心、山东省应用微生物重点实验室、山东省中澳植病生防合作研究中心3个省级平台。先后与澳大利亚联邦科学院、阿德莱德大学、乌克兰国家科学院、北京师范大学等联合建立了“黄河三角洲生态修复联合实验室”、“济南市土壤污染控制与环境修复工程实验室”、“中澳土壤健康与生态修复联合实验室”，“中乌生态修复联合实验室”。现有职工62人，其中博士23人，硕士23人，高级职称34人，山东省有突出贡献中青年专家2人、泰山学者特聘专家1人。
     研究所自成立以来，坚持公益一类科学定位，基础研究能力与创新水平稳步提升。立项R&D经费总额达到1.17亿元。承担纵向科研项目156项，经费7885万元，其中国家级项目24项，项目经费1368万余元，省部级项目64项，项目经费3246.1万元；承担横向科研项目127项，经费合同额5152万元，到账经费3808余万元。获得科技奖励23项，其中省部级科技奖励10项。发表高水平论文108篇， SCI论文102篇，EI论文6篇，参与撰写专著4部，发表软件著作权2项，授权专利77件，其中发明专利71件，PCT专利3件。在农业面源污染防治、黄河三角洲地区生态恢复、土壤污染控制与修复、能源转型和碳排放控制的管理和运行等方面取得了丰硕成果，经济、社会与生态环保效益显著，为我省生态环境保护技术创新与应用提供了技术支撑。