湖泊、水库、河道是典型的地表水（surface water），是指陆地表面上动态水和静态水的总称，亦称“陆地水”，包括各种液态的和固态的水体，主要有河流、湖泊、沼泽、冰川。它是人类生活用水的重要来源之一，也是各国水资源的主要组成部分。湖泊水库等地表水总氮超标是一个很普遍的现象，引起总氮超标的因素很多，很多时候能反应出总氮超标，但水体依然是健康的。

地表水的总氮超标主要原因是输入性的氮小于水体消耗、分解、转移的氮。比如太湖的补水劣于太湖出水的含氮值，滇池饮水水质好于排出的水质，水质达到地表三类、四类，结果是两个湖都会周期性的爆发蓝藻。

总氮来源主要有：

①上游来水中的氮含量高于本段水质类型要求，该地表水中的总氮含量就会超标。

②农田、草坡、养殖场等地表径流汇集的氮进入水体。

③水产养殖的代谢物溶入水体中。

④现状的自然环境因素，季节性植物枯死茎叶释放溶解的含氮组织。

⑤季节性水体底泥释放氮

⑥氨氮硝化后生成硝酸盐和亚硝酸盐、没有及时反硝化脱除。

⑦湖泊水库，因其流速小，紊动掺混能力小，温度在垂直方向出现明显的分层。秋季气温逐渐下降，底层水温高于表层，表层水冷却、密度增大、向下沉降产生对流现象，带动底部高含水体进入表层。冬季气温较低的区域，初春也会出现一次上下层水体交换的现象。大黑汀水库冬季表层水体总氮是夏季的4倍以上。

⑧大气氮沉降是水库外源氮输入的重要途径之一，其中氨氮在大气途径的外源氮输入中占主导地位，氨氮可以快速被藻类利用（总磷大于0.02PPM的水体），转化为有机氮及硝态氮，从而提高总氮含量。我国水域生态系统氮沉降沉降通量10.0—20.0 kg·hm−2·a。