1948年3月9日，吉林市解放，4月，将全市划为城内5区、城外5区，废区公所建制，置区人民政府，昌邑区为城内5区之一，下设振昌、同昌、维昌、护昌、泰昌、永昌、瑞昌、裕昌8个闾。1949年7月，按照市人民政府决定，昌邑区人民政府改为昌邑区公所，为市政府派出机构；将维昌、护昌、东大滩、东局子、团山子、新地号、巴虎屯、向阳、钱家屯、江湾路、振昌11个街政府撤销。1950年4月，撤销昌邑区公所建制，恢复原区公所下属街公所直属市人民政府。1951年8月恢复区政权，昌邑区改称第一区，下设东大滩、维昌、巴虎屯、东局子、新地号5个街公所。1955年4月，第一区改为昌邑区。1956年5月，昌邑区人民政府改称昌邑区人民委员会。1959年1月，昌邑区划分为昌邑、铁路2个人民公社。1962年3月，撤销城市人民公社建制，恢复昌邑区人民委员会，昌邑、铁路两个人民公社合并为昌邑区。1964年1月，行政区划再次调整，哈达湾区并入昌邑区，其所属哈达湾、兴华、莲花泡3个街道办事处归昌邑区管辖。1968年3月，改昌邑区人民委员会为昌邑区革命委员会。1980年11月，改昌邑区革命委员会为昌邑区人民政府。到1985年，昌邑区人民政府共领属东局子、新地号、延安、文庙、站前、民主、南京、莲花、通江、兴华、哈达湾、新建、延江13个街道办事处。1992年3月，吉林市行政区划调整，将原郊区九站乡、孤店子镇、双吉街道、九站街道划归昌邑区，将南京街道划归船营区。调整后，昌邑区人民政府共辖东局子、新地号、延安、文庙、站前、民主、莲花、通江、兴华、哈达湾、新建、延江、九站、双吉14个街道办事处和九站乡、孤店子镇2个乡（镇）。全区面积253平方千米。1998年2月，将九站街道、九站乡从昌邑区辖内划出，归属新成立的吉林经济技术开发区代管。1998年5月，在昌邑区辖内设立吉林市东市商业开发区；2001年9月晋升为省级开发区并更名为吉林东市商贸经济示范区。1998年成立幸福经济试验区，2003年，改为昌邑区幸福经济管理区。1999年12月，设立吉林市虹园经济开发区，2012年2月晋升为省级经济开发区，正式更名为吉林哈达湾经济开发区。2000年1月，吉林市再次调整行政区划，将原永吉县的两家子满族乡、土城子满族朝鲜族乡、河湾子镇、桦皮厂镇和原属船营区的左家镇划归昌邑区。全区面积增至770平方千米，是昌邑区辖区面积最大的时期。至此，昌邑区人民政府共领属东局子、新地号、延安、文庙、站前、民主、莲花、通江、兴华、哈达湾、新建、延江、双吉13个街道办事处，两家子满族乡、土城子满族朝鲜族乡2个乡，河湾子、桦皮厂、左家、孤店子4个镇。2001年3月，将河湾子镇并入左家镇，2016年12月25日，将双吉街道划归吉林经济技术开发区代管。至2019年末，昌邑区辖12个街道、2个乡、3个镇（3个开发区，其中2个省级开发区）。至2020年12月31日，昌邑区人民政府实际管辖东局子等12个街道，两家子满族乡、土城子满族朝鲜族乡2个乡，左家、桦皮厂、孤店子3个镇，含68个社区、85个村，以及由区另设的东市商贸经济示范区、吉林哈达湾经济开发区、幸福经济管理区3个经济区域。2021年6月，将吉林哈达湾经济开发区、吉林东市商贸经济示范区管理机构的职能整合，重新组建中共吉林哈达湾经济开发区委员会、吉林哈达湾经济开发区管理委员会。