新火车站从外观上看，从下往上依次分为地面、大拱平台和彩虹巨拱三部分，市民可通过楼梯到达大拱平台上，该平台可作为联系南北广场旅客进站的通道。大拱平台两侧还有送客车行道，送客车辆可送至平台上，但需即停即走。
新火车站共4个售票厅，地面两个，大拱平台上两个，有售票窗口36个，售票厅内不仅有售票窗口，还有开敞式的问询处，方便旅客咨询。售票窗口不再设栏杆，但有1米线和软隔离带，如同银行大厅一般。大拱平台又称为观景台，在该平台上，买票、候车的旅客闲暇之余，可站在平台上观赏海景，同时，它也是一个休闲广场，居住在火车站周边的市民可到此休闲观景。
新火车站在进出站流线上采用上进下出布局，避免人流交叉，同时为火车站与海港客运站相互联系提供了便捷通道。候车大厅有两个，位于大拱平台的东西两侧，每个面积约3600平方米，能满足每小时5000人流量。候车大厅不仅宽敞明亮，内设布局堪比机场候机室，有饮水处、洗手间，二楼还有休闲茶座等服务设施。每个大厅有多个进站口，旅客可在相应的进站口处候车，进站口处没有栏杆，旅客需自觉排队检票进站。从进站口走楼梯和扶梯，可直接下到站台，站台共有5个，高度与火车门齐平，旅客不必像过去那样登梯子上车，可直接迈进车门。站台上不仅建有盲道，顶上也设置遮雨棚，旅客等车不必经受风雨。
旅客出站的通道设在地下，站台上有醒目的标示。旅客从站台上可直接下到地下旅客通道，通向南北两个出站口，出站口外是南北两个广场。此外，站台的东侧还有一个出站口，方便坐船的旅客前往海港客运站。
火车站南北两侧将建设两个广场，北为疏散广场，南为生态广场，北广场主要承担客运人流和物流的疏散、城市交通(公交、出租)、长途客运的组织；南广场以生态绿化为主，突出人文特点，体现休闲、娱乐功能。“新火车站在24小时内可发送24列客车，42.8列火车，这是老火车站没法比的。”工作人员说。
