上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年，1952年更名为第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院，2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院（以下简称“九院”）。2015年10月，上海交通大学医学院附属第三人民医院整建制并入九院。
九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院，是一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的综合性医院。医院现有南部院区（制造局路639号）、北部院区（漠河路280号）、浦东医院（高科西路1908号）和浦东科教园区（锦尊路115号）4个院区。
九院总占地面积109亩，总建筑面积28万平方米。总核定床位数2150张，口腔综合椅位1000张。临床科室64个，其中医技科室11个。全院职工4979人。2022年医院门急诊人次数为366多万人次，住院人次数9余万人次，住院手术操作人次数8余万人次，门诊手术操作人次数11余万人次，平均住院日5.7天。
九院拥有5位中国工程院院士，医院现拥有国家口腔医学中心1个，国家口腔疾病临床医学研究中心1个，国家重点学科3个（口腔临床医学、整复外科、骨科）、国家重点培育学科1个（口腔基础医学）、国家临床重点专科9个（骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周病科、口腔修复科、眼科、整复外科、口腔正畸科、口腔黏膜病科）、上海市临床重点专科8个、上海市教委IV类“高峰学科”1项，上海市教委“高峰高原学科”建设项目1项，教育部211工程重点学科3个、上海市临床医学中心3个。复旦大学医院管理研究所中国最佳医院声誉排行榜2021年度综合排名全国第23位，整形外科全国第一，口腔医学排名全国第三，耳鼻喉科排名全国第六，眼科排名第七。2021年度中国医院科技量值研究排行榜医院综合排名全国第15位，整形外科学排名全国第一，口腔医学排名全国第三，耳鼻咽喉科学排名全国第五，眼科学和骨科学排名全国第八。
九院现为上海交通大学口腔医学院、上海交通大学九院临床医学院教学基地，现拥有31个教研室。23个国家住院医师规范化培训基地、2个国家专科医师规范化培训专科基地，及23个上海市专科医师规范化培训基地。截止2022年底，医院现有博士生导师146名，硕士生导师199名，设有4个博士后流动站，27个博士点、33个硕士点。医院共有2个国家级研究基地，6个市重点实验室，上海精准医学研究院，6个上海市专业技术服务平台及3个上海市工程技术研究中心等研究平台。
2022年，九院共获纵向科研项目（课题）280项，共计科研经费1.6亿元。其中，获得国家自然科学基金项目121项，立项数位列全国综合性医院第10位、上海市综合性医院第4位。
2021年度医院共发表SCI论文812篇，排名全国医疗机构第8位、上海市医疗机构第3位。国际论文被引用篇数排名全国医疗机构第16位、上海市第3位。中国卓越论文篇数469篇，排名全国医疗机构第26位。2021年共中文核心期刊论文篇数614篇，中文核心期刊全国医疗机构21名。
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