国家功能食品工程技术研究中心于2013年4月经国家科技部批准建设（项目编号：2012FU125X14），依托江南大学建设，是我国目前唯一的功能食品国家工程技术中心。

中心现有场地6300余平方米，固定资产7800余万元，建有江南大学功能食品检测中心[CMA资质认定、证书编号170000003911]、江南大学实验动物中心[许可证编号SYXK（苏）2021-0055、SYXK（苏）2021-0056]、益生菌与微生态制剂研究与开发实验室、功能食品原料及功能因子研究实验室、保健食品功能评价与风险控制实验室、特殊膳食食品研究与开发实验室及产业化工艺中试平台等，其中万级洁净检测实验室面积400平方米，SPF级实验动物屏障环境500平方米。

中心坚持“对外开放，共同合作，资源共享”的原则，在自我发展、自我良性循环的基础上实行开放、流动、多方位协作研究与竞争的运行机制。接受国家、行业或部门、地方及企业、科研机构和高等院校等单位委托的工程技术研发、设计和试验任务，并为其提供技术咨询服务。中心近年建设成效良好、服务企业效益显著，已发展成为具有一定影响的国家级工程技术研究中心，在功能食品工程技术研发、成果转化、工程化示范与应用等方面处于国内领先水平。