截至2020年11月，林芝市辖原林芝地区的工布江达县、米林县、墨脱县、波密县、察隅县、朗县和新设立的巴宜区。
市辖区
1.巴宜区
巴宜区，隶属西藏自治区林芝市，地处中国西藏东南部、念青唐古拉山东南麓，是青藏高原海拔最低的区域，素有“西藏江南”之美誉。
巴宜区面积10238平方公里，境内从亚热带到寒带植物都有生长，素有“绿色宝库”之称。
县
2.米林县
米林县地处西藏自治区东南部，林芝市西南部，总面积为9471平方公里。县政府驻地东多村，隶属林芝市，是米林县政治、经济、文化、交通的中心。
3.墨脱县
墨脱县，意为“花朵”。林芝市下辖县，位于西藏东南部，总面积3.4万平方公里。
墨脱县是雅鲁藏布江进入印度阿萨姆平原前，流经中国境内的最后一个县，是西藏高原海拔最低，最温和，雨量最充沛，生态保存最完好的地方。
4.察隅县
察隅县，隶属西藏自治区林芝市，地处西藏自治区东南部，全县总面积3.16万平方公里。
察隅县地处滇藏新通道重要节点，位于大香格里拉生态旅游圈上，是新的川滇藏交通大环线的必经之处和必停地点。
5.波密县
波密县，位于西藏自治区东南部，全县总面积16578平方公里，是西藏商品粮基地县之一，是出口菌类松茸、羊肚菌的重要产地之一，境内海洋型冰川发育极好。
6.朗县
朗县，隶属西藏自治区林芝市，位于朗县位于林芝市西南部，地域面积约4106平方公里。
名特产品主要有多类畜产品、辣椒、贝母、五灵脂、葡萄、苹果、核桃和藏帽、木碗等。
7.工布江达县
工布江达县隶属西藏自治区林芝市，位于西藏自治区东南部，林芝市西北部，县域总面积11650平方公里。
旅游景点有巴松措、太昭古城、巴嘎寺等。 旅游服务业在经济格局中占有重要地位。