当微生物与普洱茶的关系已经逐步被科学研究者揭示，在普洱茶变化过程中，微生物所发挥的作用也愈发清晰了起来。正是这些看不见的小生命在转换着普洱茶的滋味，让我们为之神往。
《普洱》杂志曾刊登了一篇文章《微生物才是地球之王——兼说微生物与普洱茶》，全文从宏观的视角来看待微生物与生物圈、人类乃至与普洱茶之间的重要关系。作者张晗星博士是中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室高级工程师，与知名普洱老茶藏家何作如先生就普洱茶传统工艺与发酵机理进行了长达7年的合作和科学探讨，对普洱茶与微生物之间的关系有深入研究。
不同的微生物群落在普洱茶的生长、加工、仓储等不同环节中分工有序，共同为我们温养出一杯醇厚润滑、气韵绵长、越陈越香的普洱茶。因此，普洱茶的越陈越香、金融属性并非是炒作，而是由普洱茶的天然禀赋和微生物来决定的。
所有茶类中，普洱茶的独特性从来都是显著区别于其他茶类。普洱茶的优劣会反映在选料地域性、季节性、全株性的差异，以及制作时是否兼顾微生物的发酵特性，成品茶会随着保藏年份而发生成分的转变，风味越存越好、价值越高，使之具备了金融属性。
微生物与环境信号应答，遵循生态位、演替变化、群体感应等内在调控规律。微生物响应外界环境信号，调控自身及群落的物质（药物）耐受、形态发育、次生代谢、以及致病性等多种重要生物学过程，微生物群落通过竞争抑制、传代发育后形成了群落的演替。参与普洱茶发酵的微生物，在普洱茶的不同制作工艺过程中，群体结构发生了不同的改变，导致了不同的发酵过程，期间茶饼中不同的微生物种类及组成，就形成了不同的代谢产物即不同发酵风味。
普洱茶和微生物发生关系从新生到入口是相依相伴的过程，除非茶饼的水分含量低于微生物的繁殖要求，普洱茶停止发酵代谢进入化学变化为主的转化过程。微生物参与主要过程有两个阶段：
普洱茶制作过程就是环境微生物与茶叶之间不断交换的过程。
来自于茶园空气和种植环境的微生物更多地参与植物、环境空气土壤的物质交换，以茶园环境为营养源，这类菌经年在当地环境被自然选择、竞争和稳定，跟周围的自然环境和谐一致。常年的生活经验让本地居民能观察并总结出同一片区出产的蜂蜜、茶叶、发酵食品如酱油、豆豉等，在口味上的风味特点，并能区分不同片区口感上的细微差别，这就是该地区环境微生物的共通发酵属性，我们更多地认为来源于环境的微生物是有益菌群。
普洱茶树的种植始于明中期，云南地区的普洱茶树多是少数民族聚集区及汉人最先种植的栽培型茶树，就地加工后外运。随着时代的变迁，茶园开放程度提高，制茶村落由山上搬迁至近公路的山下，人的活动范围扩大，自然条件和茶叶加工环境的改变，影响到了参与普洱茶发酵微生物组成，现代加工的普洱茶由于微生物群落的变化，是否会影响口味的变化，是否由于微生物的改变影响到普洱茶的后发酵，都是现代人不能回避的问题。宝贵的微生物资源保护和开发都应在调查的前提下展开。我们对珍贵的保存近百年的号字级老茶的微生物构成的研究表明，除了制作工艺的改变，环境因素的改变对微生物群落造成的差异确实显著存在，应尽早地着手对茶区微生物种质资源的调查，从而对特有的环境微生物资源进行抢救性的保存，建立普洱茶微生物菌种保藏库，以应对后100 年的环境变化较之前 100 年变化提速的不争现实。
保藏过程就是普洱茶内在微生物和环境微生物互为竞争相互抑制的关系
影响菌群改变的入侵型环境微生物经研究通常有 3 类 , 即病原微生物、共生微生物和腐生微生物。腐生微生物与植物病原菌及共生微生物不同，其功能和结构决定于植物有机物质的种类和数量，腐生微生物的群落结构和功能受到植物种类的影响极大，黄曲霉菌就不是茶叶的腐生菌。其次 , 茶叶产区的大多数的腐生微生物类群存在于几乎所有的土壤中 , 并且有客观的功能冗余，特别是菌根真菌抵御外来腐生菌入侵具有重要作用。来源于非茶叶产区的环境的腐生菌，可以在入侵地形成高密度的单一种群，而其在原产地却只能维持在低密度状态。这主要是因为入侵腐生菌与土著腐生菌的代谢产物在组成上往往有显著的差异，这种正反馈 ( 促进 ) 作用加上其逃离了土传病害等其他因素的影响 , 使入侵微生物得以在短时间内大量繁殖并占据新的生境。入侵的腐生微生物可以为新的生境带来新的功能属性，从而改变微生物的群落结构和功能。
所以普洱茶仓贮时除了保证茶叶表面以及内部原有的有益菌群的旺盛代谢，确保代谢速率提高转化效果。另一方面，还要防止保藏环境中腐生微生物进入到茶饼，通常环境温度、湿度过高，外源微生物极容易快速繁殖，生长成为优势菌株，特别是保藏环境污染严重、杂菌过多是打破原有菌群平衡的一个最重要原因，一旦外来菌特别是腐生菌进入，其旺盛的寄生能力，哪怕是像普洱茶这种富含鞣酸、儿茶素类天然抗菌活性物质的培养基，如果出现可见的菌丝体遍布茶饼，就是腐生菌过度繁殖的发酵称之为“ 霉变 ”。真菌代谢产物复杂，通常会有毒素化合物生成。霉变严重的茶不是救不救的问题，而是检测是否有真菌毒素产生，测评食品安全性应放在首位。
微生物的繁殖速度和抗诱变能力强，有用辐射诱变这种表面消杀的技术就可以杀死普洱茶微生物的实验报道，不知道是使用怎样的“ 单面煎 ”“ 双面煎 ”的技术做到的。普洱茶这样一款开放环境加工、保存品，如何证明它与微生物的清白，目前的研究结果存在样品处理背景不清、结果评判无据的漏洞。当科学成为演说工具，片面的解读就更容易造成认知偏差。经常，偏见比无知距离真理更远。科学具有宝贵的“自我纠正”能力，普洱茶的研究继续下去终将为普洱茶的生产制作提供更多可靠依据。
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