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根据淮办发［2002］67号文件，《淮安市政协机关机构改革方案》的通知，市政协机关内设机构设1个办公室、7个专门委员会。办公室设5个职能处室：秘书处、信息处、人事处、联络处、行政处；7个专门委员会为：经济科技和城乡建设委员会、文卫体和人资环委员会、社会法制和民族宗教委员会、提案委员会、学习宣传委员会、港澳台侨委员会、文史委员会。淮编发[2004]89号文件同意政协办公室增设老干部处。淮编发［2006］60号文件同意政协机关设立研究室，内设综合处，同时撤销政协办公室内设的信息处。淮编发［2009］29号文件同意政协7个专门委员会分别设秘书处。淮安市政协办负责市政协全委会议、常委会议、主席会议等各类会议以及调研、视察、约谈、民主评议等日常活动的秘书、联络及其组织、协调、服务工作；联系县区政协、各民主党派、工商联、人民团体和市委、市政府有关部门，互相配合、协调工作；负责办文、办会、办事等日常事务，其中包括会务、各项活动安排、公务接待、文书资料、行政管理、后勤服务、人事劳资、信访、社区挂钩、扶贫、老干部工作等；负责机关内部建设与管理的有关事项，承办和服务“五型”机关建设的各项活动；承办主席、副主席、秘书长交办的其他事项。