En 1244, Louis IX est mis au fait de la prise de plusieurs villes chrétiennes, dont Tibériade et Jérusalem, par des armées musulmanes soutenues par l'émir égyptien. Gravement malade, il fait le souhait de lever une armée et de partir en croisade afin de libérer Jérusalem s'il guérit. Sorti de sa maladie, Louis IX organise, dès 1247, cette futur croisade avec le soutien du Pape Innoncent IV, mais sous le feu des critiques d'autres puissances chrétiennes telles que la République de Venise ou encore l'empereur Frédéric II qui va jusqu'à faire prévenir le sultan d'Égypte du projet du roi de France. Louis IX fait alors construire le port d'Aigues-Mortes, d'où il embarque le 25 août 1248, accompagné de sa femme Marguerite de Provence, et d'une armée composée d'une grande partie de la noblesse française ; il laisse le gouvernement du royaume à sa mère Blanche de Castille. L'objectif désigné de cette armada est l'Egypte afin de s'emparer de territoires à échanger, ensuite, contre Jérusalem.

Les croisés débarquent en Egypte le 5 juin 1249, après huit mois d'hivernage à Chypre, et s'emparent, dès le lendemain de la ville de Damiette. Cependant, la crue du Nil freine leur avancée jusqu'au mois d'octobre 1249. Alors que les Egyptiens proposent d'échanger Damiette contre Ascalon, Jérusalem et Tibériade, les français, sous l'influence du frère du roi le comte d'Artois, refusent cette négociation et décident de marcher sur Le Caire. Robert d'Artois ouve la marche, suivi des Templiers, une marche imprudente contre l'avis du roi, faîte de batailles et d'assauts par les musulmans, que les français parviennent à repousser ; se livrant parfois au massacre de leurs ennemis. En février 1250, Robert d'Artois et les Templiers entrent dans Mansura, mais leur assaut de la forteresse est repoussée. L'avant-garde française est décimée par la contre-attaque des musulmans, dirigés par Baybars, un chef mamelouk. Victorieux les musulmans poursuivent leurs nombreux assauts afin de repousser le reste de l'armée française. Celle-ci parvient à résister, mais au prix de nombreuses victimes. Puis les épidémies, et la disette, affaiblissent les troupes de Louis IX. Le roi est lui-même fait prisonnier par les mamelouks. Libéré contre une rançon payée par les Templiers sous la contrainte du roi, et la restitution de Damiette aux égyptiens, Louis IX quitte l'Égypte, défait, le 8 mai 1250 et débarque à Saint-Jean-d'Acre en Terre Sainte quelques jours plus tard. 

Malgré les appels de sa mère Blanche de Castille qui souhaite lui rendre la gouvernance du royaume, et les conseils des barons qui l'accompagnent, Louis IX va effectuer un séjour de quatre années en Terre Sainte, considéré souvent comme leur souverain par les chrétiens d'orient. En avril 1254, Louis IX reprend la route de la France afin d'y assurer son règne, dans un royaume alors laissé sans régence depuis la mort de Blanche de Castille en novembre 1252.

Louis IX embarque pour la septième croisade le 25 août 1248