蛋白结构建模与优化_献给初学者：手把手教你在线预测蛋白质结构

蛋白质是生命活动的体现者，其结构决定着功能。由线性氨基酸组成的蛋白质需要折叠成特定的空间结构才具有相应的生理活性和生物学功能。

解析蛋白质的空间结构对于认识蛋白质的功能、功能的执行、生物大分子间的相互作用，以及医学和药学的发展「如药物靶点的设计等」具有重要意义。为了更快速地了解蛋白质功能,不能只等待蛋白质的测定结果，尤其是对未知蛋白质开展研究之前,通过对蛋白质结构进行预测具有明显的优势。

理论基础

蛋白质的高级结构由其一级结构序列决定，蛋白质可以自发地折叠成它们的天然结构，特别是结构简单的蛋白质小分子。

序列相似的蛋白质具有相似的三维结构；

不同的蛋白质中相同的结构域(domain)具有相似的功能。

蛋白质结构预测流程

一、蛋白质理化性质和一级结构分析

1. 分析蛋白质的 pI、Mw、氨基酸组成、消光系数、稳定系数等

「1」进入 Expasy 主页：http://web.expasy.org/protparam/

「2」点击 Resource A…...Z

「3」查找「ProtParam」「protein physical and chemical parameters」

「4」粘贴序列进行分析。

2. 分析蛋白质的亲水性和疏水性

「1」进入 Expasy 主页：

「2」点击 Resource A…...Z

「3」查找「ProtScale」「protein profile computation and representation」

「4」粘贴序