克隆网站工具_实用！Addgene汇总分子生物学必用工具

编译 | 雪月

Addgene网站发表了一篇博客，汇总罗列了多个免费在线分子生物学相关工具网站，涵盖引物设计、质粒图谱、DNA序列分析等。

质粒图谱

用于查看、编辑和制作质粒图谱。

SnapGene Viewer: 免费查看质粒图谱，付费可查看更多用于质粒设计的工具。

Benchling: 绘制质粒图谱，对学术用户免费。

Genome Compiler: 免费基于桌面的设计和绘制质粒的软件。

Serial Cloner:免费基于桌面的设计和绘制质粒的软件。

ApE (A plasmid Editor): 由犹他大学的M. Wayne Davis维护的工具，免费的，基于捐赠的质粒分析工具。

DNA/蛋白质数据库搜索和分析工具

Addgene's analyze sequence tool: 比对、翻译序列

NEBCutter2:查找酶切位点

Webcutter 2.0:查找酶切位点

Addgene vector database:质粒序列

NCBI BLAST:核苷酸或蛋白质序列比对

ExPASy translation tool: 翻译DNA序列

UniProt:蛋白质序列和功能信息数据库

Codon optimization tool:访问需要设置账号

引物设计工具

用于常规引物设计和一些应用于不同克隆需求的引物设计的站点

Primer3 and Primer3Plus:常规引物设计。

Design primers for Goldengate cloning 

Design primers for In-Fusion Cloning

Design primers for Gibson Assembly and NEB HiFi DNA Assembly

OligoAnalyzer Tool from IDT: 用于发夹分析，Tm值分析以及引物二聚体分析和其他引物特征。

克隆连接反应计算器

可以计算出不同类型的克隆方法——restriction enzyme cloning, Gibson assembly, or In-Fusion cloning，所需的插入序列和骨架的数量。

NEB Ligation Calculator: 该工具适用于任何克隆方法。

In-Fusion cloning molar ratio calculator 

实验室数学计算器

可以帮助进行实验室的常用计算问题。

Molarity calculator

Promega's Biomath Calculators

Primer resuspension calculator  

DailyCalcs Science Calculator app for iPhone

原文链接

https://blog.addgene.org/free-online-molecular-biology-tools