【转】NG：垂枝桦基因组图谱构建（2+3组装）及重测序分析

最新推荐文章于 2022-09-24 08:00:00 发布

wangchuang2017

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【转】NG：垂枝桦基因组图谱构建（2+3组装）及重测序分析

转自希望组公众号。学习二代+三代组装策略的流程

垂枝桦（Betula pendula）是一种速生乔木，能在短短一年时间内开花，木质坚实，可做细工、家具等，经济价值极高。近日，芬兰研究人员对垂枝桦自交系个体进行全基因组测序，并对80个来自不同地理范围的桦树个体进行群体重测序，为林木基因组学研究和遗传改良工作提供了研究资源，从而利于生态环境的持续优化。

PacBio数据的加入，有效地对基因组初装版本进行了补洞，并在进一步Scaffolding提供高连续性序列，基因组覆盖率达到98.9%(435Mb/440Mb)，经遗传图谱信息将基因组构建到染色体级别。同时，基因组组装指标也有了显著提升：Contig N50从7,972bp上升到48.2Kb，Scaffold N50从214.7Kb，提高到528Kb，获得了435Mb的参考基因组。

垂枝桦基因组测序组装策略：

垂枝桦染色体水平的组装：

基于垂枝桦参考基因组信息，研究分析了基因组对环境适应性的改变。进一步，对80个来自不同地理范围的桦树个体进行重测序群体分析，筛选环境适应性相关的候选基因，探索垂枝桦基因组的进化适应历程和人工选择活动。

不同地理位置垂枝桦及桦木科近缘物种重测序分析：

桦木科系统发生关系研究：

选择性清除分析（Selective sweep analysis）反映垂枝桦经历了明显的近代人工选择

作为林木研究的模式物种，垂枝桦基因组基因组相对简单，但大部分林木基因组比较复杂，在对复杂的或遗传信息较少的林木基因组测序时，组学君推荐 PacBio SMRT测序技术，基于长读长优势构建高质量参考基因组，为解决后续重要功能基因挖掘和进化研究提供研究基础。

参考文献
Salojärvi J, Smolander O-P, Nieminen K,et al. Genome sequencing and population genomic analyses provide insights intothe adaptive landscape of silver birch [J]. Nature genetics, 2017.

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【转】NG：垂枝桦基因组图谱构建（2+3组装）及重测序分析转自希望组公众号。学习二代+三代组装策略的流程垂枝桦（Betula pendula）是一种速生乔木，能在短短一年时间内开花，木质坚实，可做细工、家具等，经济价值极高。近日，芬兰研究人员对垂枝桦自交系个体进行全基因组测序，并对80个来自不同地理范围的桦树个体进行群体重测序，为林木基因组学研究和遗传改良工作提供了研究资源，从而利于生态环境的持续优化。PacBio数据的加入，有效地对基因组初装版本进行了补洞，并在进一步Scaffolding
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