傻瓜式快速下载TCGA数据(win x86版本)

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tcga数据下载_TCGA数据库甲基化数据下载简单到爆
weixin_39663729的博客
11-19 1708
TCGA数据库甲基化数据下载1、登陆TCGA官网2、选择下载DNA Methylation3、选择癌症4、添加到cart5、点开cart就可以下载了然后把得到cart文件和gdc-manifest文件放在同一个文件夹,然后按住shif键同时点击鼠标右键,点击“在此处打开命令窗口(shell)”如下图:然后输入脚本(电脑要安装perl)命令;perlgene_gdc.plgdc_ma...
tcga数据下载_TCGA数据挖掘(二):数据下载与整理
weixin_39850167的博客
11-19 3670
关于TCGA数据库中的数据下载,我们之前有介绍过R语言下载包:R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据,同时在介绍数据库的使用教程中也介绍了在线下载以及官方下载工具下载TCGA数据库使用教程。在线下载以及官方下载工具下载数据是分开的,每个样本的数据的独立的,需要自己合并,这需要会R,Python 或者 perl 等编程语言(文末补充内容介绍)。这里我们先介绍TCGAbiolinks...
TCGA数据下载教程:使用官方gdc-client软件下载
热门推荐
Mr番茄蛋的博客
07-02 5万+
前言 本教程涉及内容: 1. TCGA网页数据下载,检索方 2. gdc-client软件安装和配置 3. 使用gdc-client下载TCGA数据 本教程使用原生态的TCGA官方数据下载,比使用第三方的工具具有数据更新快,真实的特点,当然如果觉得麻烦可以使用第三方的一些工具,单对于想要真正了解TCGA数据库的人,还是使用原生态的TCGATCGA改版后,下载变得大为不...
新版TCGA数据转录组表达数据下载及整理(R语言)
weixin_52486108的博客
04-05 2514
新版TCGA转录组数据整理——R语言(傻瓜代码)
下载TCGA工具
03-26
下载TCGA数据用,这个优点我觉得在于下载数据的实时性有保证,并且它也是从官网下载的,最主要它支持断点下载。。。就算你网再不稳定。。睡一觉总能下好了
tcga官方下载工具
11-04
tcga官方下载工具 最近服务器不稳定 有时候下载很慢 如果很难下载可以试试从这里下载
TCGA 数据下载
Dargon2的博客
05-20 1221
TCGA TCGA 数据库是目前最大的癌症基因信息数据库,TCGA的全面不仅仅体现在众多癌型上,还体现在多组学数据,包括基因表达数据、miRNA表达数据、拷贝数变异、DNA甲基化、SNP。 数据下载 肿瘤研究经常需要下载相关数据,目前可以通过官网(http://www.cbioportal.org/)直接下载,或者xenabrowser 下载。 xena下载比较简单,选择需要研究的癌症种类,直接下载所需的文件就可以了。 https://xenabrowser.net/datapages/?hub=https
TCGA数据库的利用(一)—— 数据下载
小张Python
04-20 4万+
前序还有1个多月就要毕业了,而在此之前需要顺利完成自己的毕设,因为对纯生物方向一点也不感兴趣,所以课题方向选的是生信—TCGA数据的利用,虽说本科专业与生物相关,但在整个大学期间基本就是在不挂科的情况下尽可能地与生物对着干,所以大学四年过后么,就有一种虽学生物、但毫不懂生物的状态。为了能够顺利拿到毕业证,经过这段时间的“刻苦钻研”也算是多少对于这方面有点了解,因此特地写个系列来巩固一下这方面知识的...
TCGA数据下载及全流程分析(更新中)
01-20
一、GDCRNATools包下载 首先下载R包 if (!requireNamespace...下载好之后运行,以COAD数据为例,下载: library(GDCRNATools) gdcRNADownload(project.id = TCGA-COADREAD, data.type = RNAseq, write.ma
新版TCGA数据整理,通过R语言实现TCGA数据整理
04-05
新版TCGA数据的整理,将TCGA单个转录组数据整理成列为患者,行为基因的矩阵。可以通过修改参数整理Count、FPKM、TPM数据,根据自己的需要进行选择。
TCGA简易下载工具
08-31
该工具可以简化TCGA数据库的下载步骤,合并TCGA数据库中下载的文件
TCGA临床数据提取_perl提取tcga临床数据,perl读取临床数据报错
05-04
自己编写程序,对TCGA的临床信息进行整理和提取,便于做生存分析
TCGA数据分析.mp4
06-18
TCGA数据分析
tcga数据下载_TCGA数据下载:多种方法及优缺点介绍
weixin_39770226的博客
11-19 3678
早就告诉圈内好友,我把自己的28篇TCGA教程的部分知识点录制成为了视频,虽然播放量很少,但是看过的朋友都说收获很大,而且还有专门的笔记系统性介绍自己学习的收获,今天我们就分享其中一位优秀学员的笔记:数据挖掘必看视频,实际上我发现很多人从我这里学习到知识点后刻意抹去我的存在,进行所谓的二次创作!也刻意不转发给身边有需要的朋友,我不是很能理解它们的意图!在TCGA数据下载文件有很多种方法...
TCGA学习篇——数据下载
aagk6406的博客
04-25 1917
下载TCGA的方法比较多,这里采用GDC下载数据。 步骤一:进入官网:https://portal.gdc.cancer.gov/      步骤二:点击Repository      第三步:点击Files或Case   Case主要包括:Primary site(肿瘤起始位置,原位癌)、Program(数据来源)、Project()、Disease Type(疾病类型)、...
下载TCGA数据的程序
math_computer的博客
01-09 990
目录requestswget 今天研究了下怎么写脚本批量下载TCGA中的.svs文件。分两部分,使用requests的python脚本和使用wget的shell脚本。 任何下载工具都是人在一定的规则下写出来的,并没有什么玄幻的。思考+实践+优化=工具。 requests TCGA下载python源代码 根据上面的代码,进行简单修改。主要添加了.svs文件名输出和下载速度显示。 # coding...
AdaBoost 乳腺癌数据挖掘
05-29 898
同时,AdaBoost算法还具有很强的鲁棒性,即使某个弱分类器出现较大的错误率,也不会对整个集合的分类性能产生太大的影响。评估集成学习模型的多样性是非常重要的,因为模型的多样性可以增强其对数据的适应能力,从而降低过拟合的风险。增强了鲁棒性:集成学习模型可以降低对单个分类器的要求,即使某个分类器出现较大的错误率,也不会对整个模型的分类性能产生太大的影响。4. 观察模型的预测结果:对于测试集中的每个样本,观察模型的所有弱分类器的预测结果,如果预测结果相似,则说明模型缺乏多样性。
基于业务逻辑生成特征变量python实现源码+数据集+超详细注释.zip
最新发布
05-31
【优质项目推荐】 1、项目代码均经过严格本地测试,运行OK,确保功能稳定后才上传平台。可放心下载并立即投入使用,若遇到任何使用问题,随时欢迎私信反馈与沟通,博主会第一时间回复。 2、项目适用于计算机相关专业(如计科、信息安全、数据科学、人工智能、通信、物联网、自动化、电子信息等)的在校学生、专业教师,或企业员工,小白入门等都适用。 3、该项目不仅具有很高的学习借鉴价值,对于初学者来说,也是入门进阶的绝佳选择;当然也可以直接用于 毕设、课设、期末大作业或项目初期立项演示等。 3、开放创新:如果您有一定基础,且热爱探索钻研,可以在此代码基础上二次开发,进行修改、扩展,创造出属于自己的独特应用。 欢迎下载使用优质资源!欢迎借鉴使用,并欢迎学习交流,共同探索编程的无穷魅力! 基于业务逻辑生成特征变量python实现源码+数据集+超详细注释.zip基于业务逻辑生成特征变量python实现源码+数据集+超详细注释.zip基于业务逻辑生成特征变量python实现源码+数据集+超详细注释.zip基于业务逻辑生成特征变量python实现源码+数据集+超详细注释.zip基于业务逻辑生成特征变量python实现源码+数据集+超详细注释.zip基于业务逻辑生成特征变量python实现源码+数据集+超详细注释.zip基于业务逻辑生成特征变量python实现源码+数据集+超详细注释.zip 基于业务逻辑生成特征变量python实现源码+数据集+超详细注释.zip 基于业务逻辑生成特征变量python实现源码+数据集+超详细注释.zip
r语言下载tcga数据
09-03
R语言可以通过使用TCGA数据门户(TCGA Data Portal)的API接口来下载TCGA数据。以下是一个简单的步骤指南: 1. 首先,你需要在R环境中安装并加载相关的包以使用API。可以使用`install.packages()`函数安装`httr`和`jsonlite`包: ```R install.packages("httr") install.packages("jsonlite") ``` 然后使用`library()`函数加载这两个包: ```R library(httr) library(jsonlite) ``` 2.接下来,你需要查找你感兴趣的TCGA数据集和相关的API链接。例如,如果你想下载TCGA的癌症基因表达数据,你可以去TCGA Data Portal网站上找到对应的API链接。 3. 使用`GET()`函数通过API链接获取数据。你可以使用`content()`函数将返回的数据转换为R中的可用格(如数据框)。 ```R response <- GET("API链接") data <- content(response, as = "parsed") ``` 4. 根据你的需要,你可以进一步处理和分析这些数据。例如,你可以使用R中的数据处理和可视化包(如`dplyr`和`ggplot2`)来进行数据清洗、转换和展示。 需要注意的是,下载TCGA数据可能需要一定的时间和资源,特别是对于大型的数据集。此外,你还需要对下载数据进行验证和质量控制,以确保数据的可靠性和准确性。 以上是一个基本的介绍和指南,希望能对你下载TCGA数据提供一些帮助。详细的操作和具体的代码可能因所需的数据和API链接而有所不同,请根据实际情况进行调整。

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    はる96: 想你问下为什么我使用gdc下载文件较大,比如1g以上的文件会failed

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    acaiguangying: 数据集还能下载吗,为撒点进去显示没了

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