GWAS(2) 在Linux服务器上安装plink

Junbo_Just_Jia
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Linux下plink软件使用方法,#软件工具#解密GWAS的利器--Plink 使用解析
weixin_28993425的博客
05-10 2687
GWAS全基因组关联分析,近年来一直为研究的热点,不管是研究复杂疾病或是遗传育种,均有广泛的用途。但是GWAS的数据动辄上千的样本数据,如何对这庞大的数据进行分析?这里我们介绍一个强大的工具--PLINK的使用方法。1. 数据准备Plink的输入文件及格式原始文件:ped和map文件二进制文件:bed、bim、fam等拓展的格式:ped文件、tped、tfam等其中ped文件包含了基因型信息,一个...
plink 使用手册
02-04
基因型数据的数据格式转换,plink是一个免费的全基因组关联分析,其分析的基础是基因型数据和表型数据,通过整合gplink和Haploview,使的结果可视化。(PLINK (1.07) Documentation 英文)
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在WSL中安装plinkGWAS
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在WSL中用sudo apt install plink下载的并不是上面这个plink。上下载了压缩包,放在路径“D:\plink”中。在 WSL 中,你可以按照以下步骤将。打开终端,输入以下命令来编辑。在文件末尾添加以下行(假设。退出 nano 编辑器。
plink2.0和plink1.9的忧伤笔记
邓飞----育种数据分析之放飞自我
12-01 3044
虽然plink2.0已经存在好久了,但是一直用的都是plink1.9,因为语法熟悉。更主要是plink2.0语法变动太大,害怕步子迈得太大了……今天看一下plink2.0的读入和输出数据常用参数,plink2.0用是不会用的,2022年都不会用!!!但是碰到bgen,pgen数据进行转化为bed,bim,fam文件,然后用plink1.9使用的想法还是有的,而且很大!!!本篇目的:使用plink2.0软件将下面格式随便输入、输出。
plink软件下载及常用命令
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linux安装Plink
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1. 进入plink官网,选择对应版本 http://www.cog-genomics.org/plink2/ 鼠标放置上面,右键->复制链接: 2. 下载安装包并解压 wget http://s3.amazonaws.com/plink1-assets/plink_linux_x86_64_20200921.zip unzip plink_linux_x86_64_20200921.zip 安装完成! 3. 安装目录下执行 或者 绝对路径/plink ..
深入解析Linux中的远程连接工具plink
十年运维开发经验的王义杰在此分享自己的知识和经验
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PLINK-SETUP
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plink执行linux命令网络异常,Shell中使用plink工具实现远程批量关机
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04-30 151
我的操作系统是centos6.4操作系统:rhel 6.2 x86_64下载并安装putty软件包,本人下载了putty-0.62-1.el6.rf.x86_64.rpm下载地址如下:http://rpm.pbone.net/index.php31、远程主机IP列表文件[root@localhost~]# vim server_list.txt192.168.0.13192.168.0.12192...
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