生物信息学是什么?

生物信息学是一门研究生物学问题的交叉学科,它结合了计算机科学、统计学和数学等学科,旨在利用计算机技术和算法分析生物数据、研究生物系统的结构和功能、预测生物学过程和发现新的生物学知识。生物信息学的应用领域非常广泛,例如基因组学、蛋白质组学、转录组学、代谢组学、系统生物学等。生物信息学的发展也为生物医学研究提供了新的方法和工具,例如在基因诊断、药物设计、疾病预测等方面的应用。


简单说,就是计算机+生物学的交叉学科,既要懂生物又要懂计算机,我的理解就是把计算机技术应用到了生物学领域的场景,要根据生物学进行数学建模,得到生物学的模型,再根据这个模型去应用计算机技术进行编程解决生物学问题。

 

 


那生物信息学怎么学?

生物学背景知识就不说了,分子生物学,细胞生物学,遗传学等等这些生物书还是要看的,因为要理解生物学模型,并且以后说不定还要根据生物学模型去开发一些生物信息学技术呢。然后就是计算机技术方面,那一般就是得熟悉运用linux命令,R语言,perl语言,python语言等等。还要了解生物信息的数据格式,这里介绍一下生物信息学的常见格式:

FASTA格式:用于存储核酸或蛋白质序列的格式,以及序列相关的注释信息。

FASTQ格式:用于存储高通量测序(NGS)数据的格式,包括测序序列、质量值等信息。

SAM/BAM格式:用于存储比对后的高通量测序数据的格式,包括序列比对结果、比对质量、注释等信息。

GTF/GFF格式:用于存储基因注释信息的格式,包括基因的位置、外显子和内含子的边界、转录本的信息等。

PDB格式:用于存储蛋白质三维结构的格式,包括原子坐标、结构拓扑、结构域等信息。

SBML格式:用于存储生物化学反应和代谢通路的格式,以及反应方程式、化学物质、催化酶等信息。

VCF格式:用于存储基因突变和多态性信息的格式,包括突变位置、变异类型、基因型频率等信息。

以上是生物信息学中常见的一些数据格式,还有许多其他格式,具体使用哪种格式取决于数据类型和分析需求。

生物信息学的领域还是很广泛的,即便一个搞生信多年的生信人也不一定什么都会,这里还得说一句,就是生物信息学它不仅仅只是一个工具,它是一门学科!有很多人仅仅认为它只是服务于生物实验的工具而已,随着生物信息学的迅猛发展,希望更多的人能够把它当做一门学科来看待吧!

好了,生物信息学的知识不仅于此,一次说不完,生信大白记第1记,就到这里,后面下一记,我们持续更新学习生物信息学的内容!

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